Софтуер за микробиологични изследвания

Освен микроскопи и чаши Петри, компютрите са важен инструмент за микробиолози. Софтуерът за микробиологични изследвания включва както общи научни и инженерни инструменти, така и специализирани приложения за изучаване на бактерии и други микроорганизми. Много от тях са разработени от правителствени агенции, нестопански фондации или академични изследователи и се предлагат безплатно за изтегляне и използване според нуждите на вашия експеримент или лаборатория.

Инструменти за визуализация

Визуалното представяне на събраните данни помага за по‑добро разбиране на тяхното качество, значение и последици. За микробиологичните изследвания са достъпни както отворени, така и комерсиални програми за визуализация. Чрез LibreOffice Calc, Microsoft Excel или системата Mondrian можете да създавате графики и диаграми. Приложения като Cell‑O и RasMol позволяват моделиране на 2D и 3D анимации на биологично значими молекули – протеини, аминокиселини и др.

Математическо моделиране

Големите колекции данни в микробиологията често разкриват по‑значима информация след числен анализ. Пакетите MATLAB, Octave и SciPy предлагат математическо пречистване, анализ и моделиране. С тях можете да извършвате оценка на параметри чрез фитинг на криви, епидемиологични прогнози, симулации на растеж на бактерии и премахване на шум или стохастични ефекти. Те също така изпълняват статистически изчисления като ANOVA и χ² тестове.

Биоинформатика на генома

Софтуерът за микробиология помага и при визуализация и извличане на информация от ДНК последователностите на микроорганизмите. Open Bioinformatics Foundation предлага безплатни, отворени инструменти като BioJava и Biopython, които достъпват геномни бази данни, разчленяват ДНК кода и сравняват различни проби. Други популярни пакети включват EMBOSS, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package (PHYLIP) и Sequence Manipulation Suite (SMS).

Референтен софтуер

Бързият напредък в микробиологията и променящите се регулаторни изисквания изискват микробиолозите да имат лесен достъп до актуална информация. Комерсиалният пакет HUGO предоставя данни за инструменти, химикали, оборудване, културни среди, изисквания за безопасност, нови организми, таксономически промени и антибиотици. За специалисти в хранителната наука съществува уеб‑приложението ComBase Browser, което събира микробиологични данни от правителствени агенции в Обединеното кралство, Австралия и САЩ.