Как да конвертирате TXT файл във формат FASTA

Клиничните изследвания се провеждат за анализ на протеинови последователности и търсене на лечения за заболявания. Протеиновите данни обикновено се съхраняват във формат FASTA (fast‑all), който позволява на софтуера да ги обработва правилно. Форматът FASTA ограничава редовете с последователност до 80 символа и използва кодирането по стандарта IUB/IUPAC (Международен съюз по биохимия / Международен съюз по чиста и приложна химия). Преобразуването на обикновен TXT файл във FASTA изисква добавяне или корекция на данните в съответния формат. Програми като Notepad правят това изключително лесно.

Отворете текстовия файл с протеиновата последователност, който искате да редактирате, в текстов редактор като Notepad.

Добавете или редактирайте описателния ред, за да отговаря на формата FASTA. Например, >gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED) е валиден FASTA описателен ред. Този ред предоставя уникално описание за последващите данни и започва със знака „>“, който указва на софтуера, че следва описание, а не протеинови данни.

След като въведете описателния ред, натиснете клавиша „Enter“, за да създадете нов ред.

Редактирайте или добавете редовете с протеинови последователности, спазвайки кодовете на стандарта IUB/IUPAC. Този стандарт използва букви от азбуката за представяне на аминокиселини или нуклеинови киселини. Пример за валиден ред е QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE, който започва с „Q“ (глутамин) и завършва с „E“ (глутамат).

Добавяйте нови редове с данни, коригирайте съществуващите и вмъквайте прекъсвания след всеки 80‑символен блок, ако е необходимо. Спазването на тези ограничения гарантира, че софтуерът ще интерпретира правилно буквите‑кодове, като глутамин, глутамат и други.

Накрая изберете „File“ → „Save“ (или натиснете Ctrl+S) и запазете файла. Вашият TXT файл вече е във формат FASTA.